Selon des responsables de l'armée et de la police, les assaillants sont membres des Forces démocratiques alliées (ADF), une milice islamiste qui a prêté allégeance au groupe Etat islamique.
Après l'attaque sanglante contre ce lycée situé dans le district de Kasese, près de la frontière avec la République démocratique du Congo, ils ont fui vers le parc national des Virunga, en territoire congolais, emmenant six personnes kidnappées.
Le secrétaire général de l'ONU, Antonio Guterres, a condamné "avec force" l'attaque et appelé à la libération immédiate" des personnes enlevées.
La France a pour sa part condamné "avec la plus grande fermeté l'attaque abominable" contre ce lycée, et le bureau des Affaires africaines du Département d'Etat américain s'est dit "consterné".
Trente-neuf élèves ont été tués dans le lycée Lhubiriha, a indiqué Sylvester Mapozi, le maire de la localité de Mpondwe-Lhubiriha, où s'est produite l'attaque.
Ils ont aussi "tué deux personnes, un homme et une femme, ce qui porte le bilan à 41" morts, a-t-il ajouté.
Selon le maire, de nombreuses victimes ont été brûlées au point d'être méconnaissables tandis que d'autres étudiants étaient toujours portés disparus.
Mumbere Edgar Dido, 16 ans, a raconté que les assaillants avaient surgi dans son dortoir munis de machettes et d'armes à feu et avaient tiré de l'extérieur, précipitant les élèves sous leur lit.
"Ils ont continué à tirer depuis les fenêtres, puis ont mis le feu à notre chambre pendant qu'on était à l'intérieur, avant d'aller dans le dortoir des filles", a-t-il dit.
- "Grosse attaque" -
Il s'agit de l'attaque la plus meurtrière en Ouganda depuis le double attentat à Kampala en 2010 qui avait fait 76 morts lors d'un raid revendiqué par le groupe islamiste shebab basé en Somalie.
Selon un rapport de police consulté par l'AFP, des unités policières et militaires ont été alertées d'une "grosse attaque" au lycée Lhubiriha de Mpondwe vers 23H00 (20H00 GMT) vendredi soir.
A leur arrivée, elles ont trouvé "l'école en train de brûler et des cadavres d'étudiants gisant dans l'enceinte", selon le rapport.
Le lycée se trouve à moins de deux kilomètres de la frontière avec la RD Congo, où les ADF sont accusées d'avoir tué des milliers de civils depuis les années 1990.
- Parc des Virunga -
Le général de division Dick Olum a déclaré à l'AFP que les services de renseignements ont signalé une présence des ADF dans la région au moins deux jours avant l'attaque, soulignant la nécessité d'ouvrir une enquête.
Selon cet officier, les assaillants avaient des informations détaillées sur l'école.
"Ils savaient où se trouvaient les dortoirs des garçons et des filles", a déclaré Olum de Mpondwe."C'est pourquoi les rebelles ont verrouillé le dortoir des garçons et y ont mis le feu.Les rebelles n'ont pas verrouillé la section des filles et les filles ont réussi à sortir, mais elles ont été frappées à la machette alors qu'elles couraient pour se mettre à l'abri, et d'autres ont été abattues".
"Nous avons demandé davantage de puissance de feu, des avions pour aider à l'opération de sauvetage des personnes enlevées et pour localiser les cachettes des rebelles en vue d'une une action militaire", a-t-il déclaré.
Les assaillants ont fui vers le parc national des Virunga, une vaste étendue à la frontière avec l'Ouganda et le Rwanda, emportant avec eux six personnes kidnappées, a indiqué le porte-parole des Forces de défense du peuple ougandais (UPDF), Felix Kulayigye.
Les Virunga constituent la plus ancienne réserve naturelle d'Afrique et sont un sanctuaire pour les espèces rares, dont les gorilles de montagne.
Mais les milices - dont des dizaines sont actives dans l'est de la RD Congo riche en minéraux - utilisent également le parc comme repaire.
- Allégeance à l'EI -
A l'origine des rebelles ougandais majoritairement musulmans, les miliciens ADF ont fait souche depuis le milieu des années 1990 dans l'est de la RDC, où ils sont accusés d'avoir massacré des milliers de civils.
Ils ont fait allégeance en 2019 au groupe Etat islamique, qui les présente comme sa branche en Afrique centrale, et sont aussi accusés d'attentats jihadistes sur le sol ougandais.
L'Ouganda et la RD Congo ont lancé une offensive conjointe en 2021 pour chasser les ADF de leurs bastions congolais, mais ces opérations n'ont jusqu'à présent pas permis de mettre fin aux attaques du groupe.
Les Etats-Unis ont annoncé début mars offrir une récompense pouvant aller jusqu'à 5 millions de dollars pour toute information susceptible de mener à leur chef, un Ougandais d'une quarantaine d'années nommé Musa Baluku.
Il ne s'agit pas de la première attaque contre une école en Ouganda attribuée aux ADF.
En juin 1998, 80 étudiants avaient été brûlés vifs dans leurs dortoirs lors d'une attaque des ADF contre l'Institut technique de Kichwamba près de la frontière de la RD Congo.Plus de 100 étudiants avaient été enlevés.
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