Prévenue par des fidèles, la police a "découvert deux personnes mortellement blessées au couteau et plusieurs autres blessés", a déclaré à l'AFP une porte-parole, Noliyoso Rwexana.
"Le suspect âgé d'une trentaine d'années, armé d'un couteau, a chargé la police qui tentait de le persuader de se rendre", a ajouté Mme Rwexana, "il a été abattu".
Aucun détail n'était immédiatement disponible sur les motivations de l'auteur présumé des faits.
Cette attaque intervient un mois après une attaque similaire dans une mosquée chiite de Verulam, au nord de Durban (nord-est), où trois personnes non identifiées armées de couteaux avaient égorgé un homme et en avaient poignardé deux autres.
Les trois assaillants sont toujours en fuite.
Le mobile de cette précédente attaque n'a pas été éclairci mais, selon la police, elle portait des "signes d'extrémisme".
L'Afrique du Sud, qui compte 1,5% de musulmans parmi ses 53 millions d'habitants, peut se prévaloir d'une histoire de grande tolérance en matière de religions.
Le pays a jusqu'à présent été épargné par les attentats jihadistes, contrairement à d'autres pays africains.
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