"La demande (...) d'abandonner les poursuites a été rejetée", a déclaré le juge Willie Seriti de la Haute Cour de Pietermaritzburg (est).
"Il s'agit d'une décision unanime", a-t-il précisé.
En conséquence, le procès de l'ancien président débutera mardi à Pietermaritzburg.
Jacob Zuma, au pouvoir de 2009 à 2018, avait demandé l'abandon des poursuites, s'estimant victime d'une "chasse aux sorcières" lancée il y a vingt ans dans une rocambolesque affaire de ventes d'armes.
Mais le parquet sud-africain avait défendu leur maintien, compte tenu du "très lourd dossier" retenu contre lui et au nom de "l'égalité" devant la loi.
"La demande du parquet (...) est acceptée", a déclaré vendredi le juge Seriti.
L'ancien chef de l'Etat est soupçonné d'avoir touché 4 millions de rands (260.000 euros au cours actuel) de pots-de-vin du groupe de défense Thales à la faveur d'un contrat d'armement de près de 4 milliards d'euros conclu en 1999.
Selon l'accusation, il a été rémunéré pour éviter à Thales des poursuites pour corruption, via son ami et conseiller financier Schabir Shaik, condamné pour sa participation à cette affaire à quinze ans de prison dès 2005.
Jacob Zuma et Thales ont toujours nié les allégations.
Englué dans de nombreux scandales, le président Zuma a été poussé à la démission en 2018 et remplacé par son vice-président Cyril Ramaphosa, qui a promis de nettoyer son parti et le pays de la corruption.
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